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Nature Plants(IF=15.8)| SUMO修饰蛋白质组新方法提出!构建全新SUMO化蛋白质组数据库!

发布时间:2024-09-25
SUMO化表达都是种主要的翻译工作后表达,SUMO大分子进行在E1纯化酶、E2配合酶和E3对接酶的参与者下共价配合无论物血清赖氨酸残基上,在掌控常绿绿植的产生、莒养电磁波电荷转移和胁迫生理反应中起着主要目的。SUMO化血清和SUMO表达的时候中相应的酶的丢失都要从而导致常绿绿植的产生发现异常恐怕伤亡,这反映SUMO化表达在上下调整常绿绿植的产生成长发育的时候中起着本质目的。鉴于现在常绿绿植的中被判定出的SUMO化血清次数较少,如果SUMO 化在常绿绿植的中的丰度较低且静态性较高,那么判定SUMO化血清和 SUMO化位点是极为拥有挑戰性的。

2024年9月18日,南方科技大学的王鹏程教援(拜谱生物工程合作关系物理生理学家)及其研究团队在Nature Plants上发表了题为“Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis”的研究论文。该论文通过向拟南芥sumo1 sumo2突变体中插入赖氨酸缺失的SUMO1基因(K0-SUMO1),以建造一种第二步赖氨酸受损SUMO聚集形式,实现了北京现代新款的植被SUMO化核蛋白组数值库,为进一步探索SUMO化如何调节蛋白质功能提供了宝贵资源。

英文版选择题:Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis

常常主题:拟南芥中高度敏感的位点特异性SUMO化蛋白质组学

发表过中文核心期刊:Nature Plants

引响因素:15.8

研究分析难点

图1深入分析难点图

科研然而

01、拟南芥K0-SUMO1核营养物质酚类化合物析

先前的研究表明sumo1-1、sumo2-1双突变体是没有办法正常发育的,因此作者先将K0-SUMO1基因片段导入sumo1-1、sumo2-1双突变体中,发现植物生长基本正常,并且通过Western Blot实验观察到K0-SUMO1植物中的蛋白可能具有功能性。因此,我进十步在推广的2步亲和聚集技巧确定质谱深入分析,共鉴定到2000+个独特的SUMO化位点、1300个SUMO化蛋白,其中拟南芥SUMO化位点的位置更加多样化,会发生在不同的基序上,与其他真核生物不同。SUMO化蛋白质组的GO功能分析发现检测到的蛋白质主要在不同的核过程发挥作用,包括基因沉默、基因调控以及DNA修饰和修复。

图2 SUMO化掩盖淀粉酶质组(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

02、SUMO化修饰语淀粉酶和位点的证实

为核验暗藏的SUMO1蛋清,本研究通过原核表达系统获得重组SUMO化蛋白,并来了身体之外科学实验。作者随机选择了九个候选蛋白,通过免疫印迹法发现在SUMO1蛋白存在的情况下,这些候选蛋白都可以发生SUMO化。随后使用野生型和位点突变的重组SUMO1蛋白进行了体外SUMO化实验,以验正SUMO化突显位点,实验结果表明多个鉴定到的底物位点在体外仍可以发生SUMO化修饰。综上所述,SUMO化位点的定点突变和体外SUMO化实验进一步验证了组学方法鉴定结果的准确性。

图3 SUMO化血清和位点的身体之外校验(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

03、热开启蛋清质组的酶联免疫法是比较

前面的实验结果发现在高温胁迫的拟南芥幼苗中鉴定出了1300个SUMO化蛋白。为了进一步评估SUMO化修饰如何调节蛋白质功能,本研究通过TMT氨基酸质组学比较了热应激前后潜在SUMO化蛋白丰度变化。结果发现在30分钟热应激后,有1,666个和429个蛋白质分别显示出明显上调和下调。在SUMO化的底物中,共鉴定出435个蛋白质,其中有128个蛋白质上调,16个蛋白质下调。因此,这些结果表明SUMO化修饰可能与目标蛋白质的稳定性增加相关。

图4 应用于TMT的化学发光法蛋白质含量质组学(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

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本研究从蛋白酶质组的分析角度提供了关于SUMO化作用的生物学功能和位点特异性的信息。通过将赖氨酸缺失突变体SOMO1(K0-SUMO1)引入转基因拟南芥,以开发另外一种灵敏性度更高些的SUMO化蛋白质纯化和质谱查重的方式。这种方法从热处理的KO-SUMO1幼苗的1300个SUMO1蛋白中鉴定出超过2200个SUMO1化位点,并通过体外实验验证了方法的准确性,显著地加深了我们对植物SUMO1的理解。热打断蛋白质按量特别表明SUMO化修饰增强了SUMO1受体的稳定性。总之,本研究为SUMO化修饰的检测提供了新的方法,为探索SUMO化蛋白功能奠定了重要基础。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司,可提供蛋白组、修饰组、代谢组、转录组、时空组等组学产品,SUMO化突显蛋白酶酶质组用作贵公司标志性突显服务,选择提高效率的聚集技术水平、尖部的Astral检测设备可完成SUMO化蛋白酶酶和位点的优质化量查出。此外,王鹏程副教授身为拜谱医学医疗团队班子,在食品产品开发进程中为华科的产品设备在生产的时候,由于生产材质性能的优异,使得设备在有关的产品性能上有着显著的提高,并且在出具专业性个人建议和指点,以更好的产品回馈大家,欢迎大家咨询!

参考价值期刊论文:Sang T, Xu Y, Qin G, et al. Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis. Nat Plants. 2024;10(9):1330-1342. doi: 10.1038/s41477-024-01783-z.

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