在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

研究探讨但是

1、从光敏培养教育血细胞中转化成DNA交连血清质

为着拆分光交连球氨基酸-DNA黏结物在LC-MS讲解，写作者开拓半个种性质发生变化纯化解决方案，可从DNA中出掉非你交连球氨基酸，仅在强光照时使用间接复染体组接觸含有DNA交连球氨基酸。用TRIZOL添加复染质并出掉入狱获的非交连球营养物质，然后呢将其已经溶水以进行RNase转化不良。使用多普勒彩超复制粘贴所得的球氨基酸交连DNA的添加物，在硫氰酸胍中烧开，然性质发生变化，并在二腐蚀硅离心力柱上剧烈地清洗以出掉非你交连球氨基酸终将到位。使用核酸酶清理从DNA中放出光交连球营养物质，并举行胰球营养物质酶转化不良在LC-MS讲解。该手段定名为球氨基酸交连DNA添加或XDNAX。

图1.蛋清质交连DNA去除或XDNAX操作操作流程（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可马上接处DNA的蛋清质图谱

将光热塑技巧软件于MCF7細胞，遇到了1,805种侯选蛋清，至少1,191种的存在于3个或大量次相同中。60%的DNA互不用处组有核酸通过的GO注解，在较弱核酸通过注解的蛋清质中，最明显的影响力发源核纤层蛋清，而后是通过复染质集体和細胞分化的蛋清质（图2）。

图2 . 可会直接接受 DNA 的蛋白酶质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3汇报总结了DNA主动能力组所蕴涵的蛋清质-DNA用户界面以及包函的核苷酸化学交联肽。这属于犹豫（1）球状DNA融合框架域、（2）DNA 融合起居不规律区（IDR）和（3）犹豫与其余蛋清质（比如组蛋清融合蛋清）、RNA（比如剪接系数）或相转移区室（比如核仁蛋清）主动能力而以至于的环境临近。

图3 . 可马上相处 DNA的框架域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、降钙素原检测组织扰动一年后与DNA相结合的转录要素

雌雄性缴素多巴胺受体α（ESR1）驻放在胞质溶胶中，昨天找到其配体，闪避易位到受损组织结构，在在那它与人类基因组中的相关区域中搭配以刺激性启动相关的转录软件程序。将血清饥饿的MCF7受损组织裸漏于高用药量雌雄性缴素（10 nM 17β-雌二醇）44分钟左右，与模似治理 的剖析受损组织十分它的DNA彼此间使用组（图4A）。进来，雌雄性缴素刺激性后DNA彼此间使用组中的ESR1增大了30倍（图4B）。总的言之，在1,814个定量分析的血清质-DNA彼此间使用中，约有9%提示 出超2倍的特殊转变，并关注到与ESR1更具彼此间使用的血清如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌缴素工作乳房癌上皮细胞 DNA 互为功用组的一定量较为（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人总结

深入分析入驻遗传基因组组的氨基酸酶酶质以分析它是咋样被写入并付诸实际的，一直以来都是科研工作员工1个经常的要求。遗传基因组组可及性最主要以DNA为中心局的维度开始深入分析，显然，到现在就要，复染质凝露中的什么样的氨基酸酶酶质与DNA 形成热学间接影响尚不明了。的使用零长度光交连，可感觉DNA间接影响组中的大多都数氨基酸酶酶质，XDNAX科技将看做氨基酸酶酶质-DNA间接影响深入分析的强有力用具。

拜谱工作小结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的淀粉酶质组学、淡化组学、分解组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

对比论文：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.