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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显现出丰富的动物亲水性，还有抗肿癌和身体毒效用。经常，三萜是在甲羟戊酸经过合并的，并从天然绿植绿植和白色念珠菌中取出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表小作文了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的实验小作文。该实验显示三萜类有机物野生灵芝粉酸（GA）是借助液状体培养出来的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生态学转化率造成的。利用转录组和血清质组学技艺性进几步找寻无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT造成两者野生灵芝粉酸（GA）的措施，并会按照两组学技艺性探测到的异同遗传基因和异同血清，估测DHT 生态学组成 GA 的路经。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和作用等级分类

能够对无柄灵芝粉白色念珠菌菌丝体去转录组测序共的67230个转录本和14295个单什么是dna。在以下单什么是dna中，49二个被检测为不同之处表述什么是dna（DEGs），这里面213个表述上浮，279个表述再降（图1A）。GO丰度阐述一下后，DEGs可分为生物制品的流程（BP）、组织体细胞成分表（CC）和分子式用途（MF）3类。在BP品类中，出来了前这几个子品类：抗菌药分解的体细胞分解的流程，醋酸钠盐体细胞分解的流程和甲酸盐体细胞分解的流程;而在CC品类中，组织体细胞外区、突触和好体、突触结构特征是前这几个亚类。这对MF品类，甲酸脱氢酶（NAD）活力性、氧化物还原成酶活力性和酸氨（或酰胺）连入酶活力性是前这几个亚品类（图1B）。在DEGs的KEGG走势径路阐述一下中，前30条丰度度高达的走势径路中含27条属体细胞分解，这里面二氧化氮体细胞分解、乙醛酸盐和二羧酸盐体细胞分解、丙酸盐体细胞分解走势走势径路差异性丰度（图1D）。

图1|转录成分析和实用功能进行分类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

利用对无柄野生灵芝真菌感染菌丝体利用血清质组学浅析，总计有来确定了16,457种个性肽、2606种血清质和2588种定量浅析血清质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的建立状况下，将在2606种血清质中，94种被监定为的差异化呈现血清（DEPs），另外52种调整，42种下降（图2A），图2C界面展现了的差异化呈现血清的聚类算法浅析热图。从GO浅析看，BP品类界面展现，基本都数DEPs陆续参与醋酸钠盐新陈分泌全步骤中、抗生素类拆分成新陈分泌全步骤中和药物剂量拆分成新陈分泌全步骤中。CC类DEPs在神经上皮神经元外区、过腐蚀物酶体和微体中增长率最好的人，腐蚀展现酶生物体技术和甲酸脱氢酶（NAD）生物体技术在MF类中DEPs的身材比例最好的人（图2B）。与转录组结局同类，KEGG环路浅析界面展现，大多数DEPs在新陈分泌中生物体技术生物体技术富集，另外3条最生物体技术生物体技术富集的路线是光合生物体技术中的碳固定住、碳新陈分泌和MAPK表现环路（图2D）。凡此种种，利用浅析GO数据源库的CC对DEPs利用亚神经上皮神经元精确定位浅析和注解（图2E），DEPs重点生长在神经上皮神经元质（40.66%）、神经上皮神经元膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），的理论上是GAs生物体技术转化成的重点地点。

图2|核蛋白质含量组的按量分享和特点核验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

糊口物还原成和剖析组得票数DEGs和DEPs设计制作了维恩图，有20个文化差异抒发dna（图3A）。对转录组和血清质组中E组和C组拥有的DEGs/DEPs实行聚类数据进行分析数据进行分析，出现mRNA和血清质之前有11个上涨dna和1个下跌dna，DEGs二者翻泽的DEPs抒发水准呈正对应，通过Pearson的对应常数数据进行分析，在转录组和血清质组之前在线检测到相对来说较高的对应性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）在线检测结局表示，E组和C组16个DEGs的传达总体水平区别相关系数，这当中9个为上涨DEGs，2为调整DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的传达变化趋势与转录酚类化合物析结局相一致。

图3|球蛋白组的按量讲解和基本功能查验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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