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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿体系通典型的皮肤疾病之中之一。肾组织性中CaOx硫化锌过饱合积累会演变成肾小管组织断裂和凋亡,可以演变成肾结石的演变成。短链蛋白质酸由胃消化道内活性污泥结核杆菌沤肥营养饮食玻璃纤维引发,一方面在轮廓线胃消化道深层中起到的功效,所以在体系情况上也起到重要性的功效。之中,丁酸是最非常丰富的短链蛋白质酸,还具有消除炎症和免疫系统克制的功效,本调查探究丁酸对CaOx肾结石的的功效和存在靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山宠物医院泌尿美容外科吴忠硕士生导师、周子健医生于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠讲师、周子健博士研究生在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱生物学与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网格临床药理学精准服务,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

好的文章明称:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 的客户政府部门:华山医院专家 探讨客体:大鼠、HK-2组织细胞 组群数据:对应组(Con)、3d模型组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱给出技术应用:系统临床药理学验测

理念程序程序流程图

科学研究最终

设计探讨工作人员先是打造大鼠沙盘模形,确认生理问题血生化指标值和组织结构病检学脱色等设计探讨的方法表明丁酸是可以限制CaOx沙盘模形大鼠肾CaOx多晶体的造成和拉伤,提高CaOx沙盘模形大鼠的宫颈炎症拉伤和钝化物资的过激抒发。除此以外,丁酸还可压制草酸诱导性的HK-2受损细胞膜拉伤、钝化应激性和受损细胞膜凋亡。 为探究性学习丁酸的结构特征和靶DNA网洛,科学研究人从PubChem查看丁酸和丁酸酯的二维和3D的结构特征(图1A)。经由PharmMapper统计资料库和Uniprot统计资料库正确处理后共筛分出11七个丁酸靶DNA供进第一步研究。将DNA详解信息导出来STRING统计资料库,做好PPI网洛研究。Cytoscape做出了筛选的前20的核心靶DNA的详解网洛图,是指CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。这类核心DNA与网洛中的关于DNA均现象出需要的关于性,表示这类DNA应该切实起着着信息化用。GO和KEGG研究意味着了丁酸核心DNA的关于前提条件和动物体学功能键(图1C)。核心DNA关键与类固醇刺荷尔蒙对答、被钝化应激状态反映对答、催化活力氧血细胞对类固醇刺荷尔蒙畅快的反映各类对含酸性普通机械物质的反映管于。上述讲到提出的,这类核心DNA关键参与者了被钝化应激状态反映和对催化活力氧的动物体反映具体步骤,是肾结石建成制度化中至关重点的前提条件,这意味着丁酸应该在肾结石中切实起着重点用。

图1| 丁酸架构与靶遗传基因网咯概述(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进一部探讨丁酸对CaOx肾结石确凿切靶人类人类dna,探析员合理利用GEO数据报告统计库对GSE73680中卫生比对与CaOx肾结石病患的人类人类dna差别开展了探析。比对组与CaOx结石病患的重要性好别表述人类人类dna(DEGs)遗传遗传DNA检测准则为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共淘汰到3783个人类人类dna发生重要转化,至少3379个(89.4%)人类人类dna表述上浮,404个(10.6%)人类人类dna表述变动(图2A)。对DEGs开展聚类算法算法深入分析,热图表现了前10个被选中DEGs的二维分层现象聚类算法算法特征描述(图2B)。其次,探析员采用GeneCards数据报告统计库人工清理鉴定费了370个能够与CaOx肾结石涉及的人类人类dna,排榜前20位的予测人类人类dna以及其涉及性評分就像文中2C已知。为了能让找见丁酸中药治疗CaOx肾结石的核心靶点,探析员将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石涉及人类人类dna清理得到了打了个个Venn图。最终能够,CYP2C9被明确为丁酸的作用CaOx肾结石的因素靶点(图2D)。还有,探析员还开展了丁酸与CYP2C9的大分子指导,CYP2C9的三大氨基酸等残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸相护的作用,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在凭借网路药剂学学推测CYP2C9是丁酸引响CaOx肾结石的靶基因组后,钻研员工还经过内部膜试验印证了CYP2C9可减低草酸诱发的HK-2内部膜的ROS关卡、疾病伤到和凋亡。

图2| 绝对多数据库共同剖析预测分析CYP2C9是丁酸帮助于CaOx肾结石的靶染色体

研究分析导致

本钻研1知道丁酸在体内的和体内的均能限制CaOx肾结石三维模型的被腐蚀应激状态性和感染问题,继而确认微信在线药剂学学挑选取到丁酸导致CaOx肾结石的自身靶点——CYP2C9,第四确认神经元进行实验可确认CYP2C9在草酸盐引导的HK-2神经元ROS平行、感染问题和凋亡。许多知道取决于丁酸将确认限制CYP2C9来限制CaOx肾结石的被腐蚀应激状态性,调低感染问题。此种步骤中拜谱菌物供应了微信在线药剂学学的技术应用精准贴心服务,最后拜谱菌物可不断提高非常成熟逐步完善的遗传基因组学、蛋清质组学、分解组学等两组学厂品及的技术应用精准贴心服务,邀请转达了解和咨询! 考生学术论文:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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